A Colmeia é um bloco utilitário que abriga abelhas e permite que os jogadores colham Garrafas de Mel e Favos de Mel. Funciona de forma idêntica a um Ninho de Abelhas, mas é fabricada pelos jogadores. Uma Colmeia é fabricada usando 6 Tábuas de qualquer tipo e 3 Favos de Mel numa grelha de fabrico 3×3. Uma Colmeia pode abrigar até três abelhas, que entram e saem para coletar pólen das flores. Quando uma Colmeia atinge o nível de mel 5, os jogadores podem usar Frascos de Vidro para coletar Garrafas de Mel ou Tesouras para coletar Favos de Mel. Usar Tesouras ou Frascos de Vidro sem uma Fogueira ou Fonte de Fumaça abaixo irritará as abelhas, fazendo-as atacar.

Uma Colmeia pode ser minada com qualquer ferramenta, mas machados a quebram mais rapidamente. Ao contrário de um Ninho de Abelhas, uma Colmeia não gera naturalmente e deve ser fabricada, tornando-a útil para criar fazendas de abelhas artificiais.