Bikupan är ett användbart block som huserar bin och låter spelare skörda Honungsflaskor och Honungskakor. Den fungerar identiskt med ett Bisamhäle men tillverkas av spelare. En Bikupa tillverkas med 6 Plankor av valfri typ och 3 Honungskakor i ett 3×3 tillverkningsrutnät. En Bikupa kan hålla upp till tre bin, som går in och ut för att samla pollen från blommor. När en Bikupa når honungsnivå 5 kan spelare använda glasflaskor för att samla Honungsflaskor eller saxar för att samla Honungskakor. Att använda saxar eller glasflaskor utan en lägereld eller rökkälla undertill kommer att irritera bina, vilket får dem att anfalla.

En Bikupa kan brytas med vilket verktyg som helst, men yxor är snabbast. Till skillnad från ett Bisamhäle genereras en Bikupa inte naturligt och måste tillverkas, vilket gör den användbar för att skapa konstgjorda bifarmer.