Malý ametystový pupen je první vývojové stadium Ametystového klastru, který přirozeně roste na Rašícím ametystu uvnitř ametystových geod. Postupem času doroste do Středního ametystového pupenu, poté do Velkého ametystového pupenu, než dosáhne konečné fáze Ametystového klastru, který při těžbě upustí Ametystové střepy.
Malý ametystový pupen vyzařuje světelnou úroveň 1 a lze jej dekorativně umístit na pevné bloky s plným povrchem. Při interakci nebo zásahu projektily vydává jemný křišťálový zvuk.