Dřevěná sekera je základní nástroj vyrobený z holí a dřevěných prken, což z něj činí nejslabší typ sekery v Minecraftu. Primárně se používá k sekání dřeva a dřevěných bloků, ale lze jej použít i jako zbraň zblízka, přičemž způsobuje více poškození než dřevěný meč. Kvůli nízké trvanlivosti a pomalé rychlosti sekání je brzy nahrazen kamennou sekerou. Dřevěná sekera lze také použít jako palivo v peci, kde hoří po dobu 10 sekund.