Et End-krystall er en spesiell entitet funnet på Endens hovedøy, hovedsakelig brukt til å helbrede Enderdragen. Det genereres naturlig oppå obsidianpilarer, hvorav to er beskyttet av jernstenger. Spillere kan lage det ved bruk av Glass, et Enderøye og en Ghasttåre. Det kan kun plasseres på Obsidian eller Grunnfjell og skaper ild på plasseringsstedet.
End-krystall er avgjørende for å gjenføde Enderdragen ved å plassere fire rundt Endens utgangsportal. Imidlertid er det svært eksplosivt og eksploderer umiddelbart når det skades. Eksplosjonen har en styrke tilsvarende en Ladet Creepers smell, noe som gjør det farlig men nyttig i feller eller kampscenarier. I motsetning til de fleste eksplosjoner ødelegger ikke End-krystall-smell blokker under seg hvis det er plassert på Obsidian eller Grunnfjell.
Når i nærheten av Enderdragen, sender et End-krystall en stråle for å helbrede den. Denne strålen kan manuelt modifiseres ved bruk av kommandoer til å peke på spesifikke koordinater. End-krystall er immaterielt, noe som lar spillere gå gjennom det, men det eksploderer hvis det skyves av stempler mens det er i brann.