
蘑菇岛是主世界中最稀有的生物群系之一。蘑菇岛仅在被深海完全包围的孤立陆块上生成,在主世界总地表面积中占比仅约0.15%,因此在其中自然出生的概率极低。由于这些岛屿形成于大陆性值最低的区域,周围的深海海域常常可以看到海底神殿。
蘑菇岛的地表铺满了菌丝土,而非普通草方块,红色和棕色蘑菇在地表密集丛生。值得注意的是,这里的蘑菇可以在充足的阳光下扩散和生存,这是本生物群系独有的特性。通常在黑森林中才能见到的巨型蘑菇,在此处的数量也足以稳定供应蘑菇方块。0.9的温暖温度与最大降水值共同造就了类似丛林生物群系的浓郁深绿色叶片色调。
蘑菇岛是哞菇的唯一天然栖息地,哞菇是覆盖着蘑菇的牛的变种。蘑菇岛最显著的特征之一是完全没有自然生成的敌对生物——这种保护延伸到岛屿地下的洞穴和废弃矿井中。敌对生物仍可通过刷怪笼、袭击或偶尔在地表以下生成的繁茂洞穴子生物群系出现。在基岩版中,此处只有哞菇和发光鱿鱼自然生成,且水呈现浅灰色而非通常的蓝色。