Jeskyně
Jeskyně, někdy označované jako kaverny, jsou přirozeně vznikající dutiny nacházející se v celém Overworldu a Netheru. Tyto podzemní prázdné prostory jsou vyplněny vzduchem, vodou nebo lávou a ve svých stěnách často odhalují okolní kámen, hlubinnou břidlici a cenná rudná ložiska. Protože úrovně osvětlení uvnitř Jeskyně jsou obvykle velmi nízké, nepřátelské moby jako zombie, kostry a pavouci se v nich volně spawnují. Netopýři a svítící sépie jsou také běžnými obyvateli.
Existují dvě hlavní kategorie generování Jeskyně: hlukové jeskyně a řezané jeskyně. Hlukové jeskyně jsou tvarovány algoritmy Perlinova šumu jako součást základního terénu a vyskytují se ve třech formách — sýrové jeskyně, což jsou velké otevřené komory; špagety jeskyně, které tvoří dlouhé klikaté chodby; a nudle jeskyně, které jsou užší a nepravidelnější. Hlukové jeskyně mohou také obsahovat stalaktitu podobné sloupy a podzemní vodní tělesa známá jako akvidukty, která v závislosti na hloubce drží vodu nebo lávu.
Řezané jeskyně jsou generovány jako oddělené prvky vrstvené na základní terén. Mohou mít podobu klikatých tunelových sítí s větvícími se chodbami, elipsoidními komorami nebo jednodušším I- a T-tvarem. Řezaná Jeskyně může prorazit až na povrch, protínat se s šachtami nebo monstrozními místnostmi a vyskytuje se v Overworldu mezi Y=−56 a Y=180, jakož i v Netheru mezi Y=0 a Y=126.
V Overworldu existuje několik různých biomů Jeskyně. Krápníkové jeskyně obsahují špičaté krápníkové formace a blokové sloupy. Bujné jeskyně obsahují jeskyňové révy, azaleové rostliny, hlinité tůně a slouží jako trdliště axolotlů. Hluboká tma je obzvláště nebezpečný biom hlubinné břidlice s bloky skulku a starověkými městy střeženými strážci. Podvodní řezané jeskyně jsou zcela zaplavené varianty nacházející se pod mořskými dny.