
深海是主世界中最廣闊、最深邃的水域環境之一,與標準海洋的區別在於海床位置更低——通常位於Y=30附近。這種相當可觀的深度源於世界生成時極低的大陸度數值,將深海推離陸地很遠。它位於中等溫度帶,較暖側與溫和深海相鄰,較涼側則與寒冷深海相鄰。唯一能直接與其相鄰的陸地生態域是蘑菇島。
深海的海床主要由礫石構成,底部密布著茂盛的海帶和高大海草,其濃度明顯高於淺海變體。地形中散布著沉船和海底廢墟,為願意潛入黑暗的探索者提供戰利品。最值得注意的是,海底神殿只在深海中生成,使其成為遊戲中守衛者和遠古守衛者的唯一棲息地。
海底神殿的存在使深海成為 Minecraft 中最危險的水下生態域之一。遠古守衛者會對附近的玩家施加「挖掘疲勞」狀態效果,對任何試圖搶奪結構的玩家造成持續阻礙。神殿以外的水域棲息著鱈魚、鮭魚、海豚、魷魚和鸚鵡螺,而溺屍則在海床較暗的深處巡邏,為長時間的潛水增添更多危險。